华中科技大学应该是比东南大学更好一些，但是这可能也是规模上的相对而言，两所学校都各有自己的特色，各有自己的优势，不可一概而论。
华中科技大学因为是处在武汉这样一个开风气之先的地方，所以在上个世纪十年代的高等教育中一马当先，武大的刘道玉和华工的朱九思皆名重一时。华中科技大学鲜明的体现了我国高等教育发展的缩影，被美国工程师学会授予大学领先的唯一两所高校之一，也是拥有国家重点实验室和大科学中心的四所高校之一，一直都是排在全国前十。
但是东南大学是不是就不行了呢，那倒不是。作为老牌工科大学，东南大学直接继承了中央大学工学院的遗产，东南大学与华中科技大学、大连理工大学、华南理工大学并称为四大工学院，又是建筑老八校的，所以其建筑学、土木工程、工学都很有地位，艺术学理论在全国也享有盛誉，可能纯粹的工学的话，要比华科更有底蕴和纯粹。
华中科技大学是国家教育部直属的全国重点大学，由原华中理工大学、同济医科大学、武汉城市建设学院于2000年5月26日合并成立，是首批列入国家“211工程”重点建设和国家“985工程”建设高校之一。学校学科齐全、结构合理，基本构建起研究型大学的学科体系。拥有哲学、经济学、、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学等11大学科门类;设有86个本科专业，256个硕士学位授权点，181个博士学位授权点，31个博士后科研流动站;现有一级国家重点学科7个，二级国家重点学科15个(内科学、外科学按)，国家重点(培育)学科7个。
东南大学是中央直管、教育部直属的全国重点大学，是国家“985工程”和“211工程”重点建设的大学之一。近年来，学校大力加强学科建设，取得了丰硕的。11个一级学科在2002-2004全国学科整体水平评估中名列全国前十名，其中6个一级学科位列全国前五名。目前，学校拥有60个本科专业，206个硕士点，93个二级学科博士点，16个一级学科博士学位授权点，15个博士后科研流动站，10个国家重点学科，6个国家重点学科培育点，10个江苏省重点学科(其中1个江苏省“重中之重”学科)，22个国家级、省部级重点实验室和工程研究中心。
在我看来，这两所大学是没有必要分个高低上下的。无论考上华中科技大学还是东南大学基本上都说明自己是个学霸，另外社会对这两个大学的毕业生都非常认可，毕业之后基本不愁找到好工作的。事实上，这两所大学实力相近而且都是工科实力强劲的多学科性研究型大学!闻道有先后，术业有专攻，两所学校各有其特色专业与王牌专业。
作为国家首批211工程，985工程重点建设院校，华中科技大学在去年的双一流建设中入选了36所A类世界一流大学之一!并且有机械工程，光学工程在内的8个一级学科入选双一流建设!除此之外，华中科技大学是一所创业氛围很好的的大学，在IT界素有南华科，北北邮之说。
东南大学位于江苏省南京市，是大名鼎鼎的建筑老八校以及四大工学院之一!素有东南学府第一流之誉，东南大学的成立可以追溯到三江师范学堂!东南大学的前身是原来国立中央大学工学院，在1988学校复名为东南大学。现在的东南大学是由原东南大学，南京铁道医学院以及南京地质学院合并而成!
华中工学院，南京工学院，华南工学院，大连工学院是以前我国最强四大工学院，是一个层级的。八十年代各自学校简介中表明，学校占地面积及学生人数排名是华南，华中，大连，南工。正付教授总人数排名是华中，华南，南工，大连。但图书馆藏书最大的是南工。现在华中合并了医学院之翘楚一一同济医科和城建学院，力量大增，要知道医学院的建设是最难的，何况是顶尖医科大学。
而且就现在最新资料看，其正付教授总数，占地面织，院士人数，博士授予点数，都高于东南，所以，华中科技应该强过东南，从现今各种高校排名也可以看出，华中绝大部分排名都高于东南。
华中科技大学为教育部直属的综合性研究型全国重点大学，中央直管副部级高校，国家首批“双一流”、“985工程”、“211工程”、“2011计划”重点建设高校。
东南大学为教育部直属的中央直管、副部级高校，国家首批“双一流”、“985工程”、“211程”、“2011计划”重点建设高校。
华中科技大学和东南大学都是985,211大学，入选双一流大学，一个地处武汉，一个位于南京，地理都不错，但是学科建设方面各有所长，重点建设学科是不同的，总体上来说是华中科技更厉害一些，但是要看专业。
华中科技大学是中华人民国教育部直属的一所综合性全国重点大学，国家“211工程”、“985工程”首批重点建设高校，是与国家卫生和计划生育委员会共建医学院的十所院校之一，被美国制造工程师协会(SME)授予“大学领先”的两所中国大学之一，入选《Nature》评出的“中国十大科研机构”，被称作“新中国高等教育发展的缩影”。
东南大学简称东大，位于江苏省省会南京市，是中央直管、教育部直属的副部级全国重点大学，著名的建筑老八校及原四大工学院之一，国家“211工程”、“985工程”首批重点建设的大学，是“卓越工程师教育培养计划”、“卓越医生教育培养计划”、“2011计划”、“111计划”入选高校，“卓越大盟”、“工科大盟”、“中欧工程教育平台”主要。
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